Comme pour Chablis, l’assise majeure provient du jurassique, plus précisément du kimméridgien (il y a quelques 150 millions d’années). Une particularité concerne Chablis Premier Cru : les Climats se répartissent entre la rive droite et la rive gauche de la rivière le Serein, affluent de l’Yonne qui traverse le vignoble du sud au nord.